Boku No Prototype. Tierra 16.

Alex Mercer, hijo del Número 2 y de una heroína con poderes de telequinesis, fue odiado por sus dos progenitores, al no nacer con la capacidad de tener poderes. Dejado a su suerte con su madre cuando era un bebé, fue adoptado por una familia en los Estados Unidos, convirtiéndose en el hermano mayor de la hija de esa familia. Cuando Alex descubrió la verdad sobre su pasado y comenzó a investigar, trabajó para la empresa Gentek para probar una cura. Sin embargo, al hacerlo, también descubrió a su madre y a su padre biológicos.

La situación empeora cuando la mayor creación suya, conocida como Blacklight, iba a ser utilizada como arma por Blakwatch. No teniendo más opciones, Alex libera a Blacklight, desatando una pesadilla en Nueva York. Al mismo tiempo, la figura de Zeus, el primer Proto, cobra vida y se convierte en una amenaza aún mayor. Alex debe enfrentarse a sus orígenes y a las consecuencias de su existencia mutante para detener la calamidad que ha causado.