Han pasado mas de 1 año después de lo ocurrido en la anterior parte y el ego de los ex amigos de Ash ahora es mas grande al igual que Arceus y el gran miedo de los legendarios y ultra entes es preocupante sobre el y el gran mal conocido como Megatronus ha esperado su venganza contra ese planeta y ahora que no hay peligro acabara con todo lo se le oponga y sera una gran amenaza y ahora cuando todo este perdido para ellos que el ego de los traidores y de Arceus sera un pánico de pedir ayuda de no saber quien los salvar esperando su salvador y ash deberá regresar con todo su equipo y nuevos integrantes deberán regresar abajo a detener a Megatronus y evitar que cumpla su malvado plan y ash y con ayuda sus pokemon deberá activar mas de su poder de aura que solo activo un poco en su pelea de Arceus y detener a Megatronus que obtenga el Cetro
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