Setelah Ai Haibara menemukan berbagai alat penyadap di rumahnya, dia menyadari bahwa selama ini Conan dan Shuichi Akai (FBI) telah memanfaatkannya untuk mencari informasi tentang Black Organization dengan memata-matainya. Kepercayaan dan harapannya yang dibangunnya selama ini kepada Conan seketika runtuh dan menyebabkan trauma yang selama ini ia redam meliar dan membuatnya terus berpikir untuk mati.
Setelah menguji coba dirinya sendiri dengan antidote APTX 4869, Shiho melarikan diri dan meninggalkan antidote itu beserta surat kepada Conan dan Professor Agasa. Pelariannya dalam tubuh Shiho hanya memperburuk sindrom traumanya dan membuatnya mengalami disorientasi serta gangguan memori yang membahayakan dirinya. Namun, entah sial atau beruntung, dalam pelariannya sebagai Shiho, dia bertemu dengan Furuya Rei yang bersikeras melindunginya dan memberikannya alasan untuk terus hidup demi Elena, cinta pertama Rei. Apakah Rei benar-benar tulus melindungi Shiho? Apakah ia melakukan ini untuk menjual Shiho kepada Black Organization?
----
A story about conflicts, fear, guilt, trust, and love between Shiho Miyano, Furuya Rei, Shinichi Kudo, and Shuichi Akai. At the end of her journey, will Shiho Miyano find the one whom she can trust about her heart?