Um ano apos a derrota dos Orgs e do Dark King, Nagisa e os outros estão participando de seu terceiro ano letivo, ao mesmo tempo A Rainha da Luz, que foi atingida por um raio de energia escura, retorna à sua forma original, dividida em três partes: a vida, o coração (ou seja, o trono da Rainha) e os doze Corações Mágicos, que representam suas aspirações. Assim, Nagisa e Honoka se tornam as guerreiras lendárias, Pretty Cure novamente para encontrar todas as peças da Rainha e evitar que o Dark King desperte. Eles são então acompanhados por Kujou Hikari, que se transforma em Shiny Luminous, que é a própria vida da Rainha da Luz. Fora isso Yabaiba e TsueTsue sao revividos pelo novo lider dos Orgs,Ura. Fujimura e os outros retornam a ser Gaorangers para enfrentar a nova ameaça