Les pokémons rescapés se sont fait une raison : leur monde a disparu, à tout jamais. Heureusement pour eux, il leur a été offert l'opportunité de repartir à zéro dans un autre monde, qui est désormais tout comme le leur. La paix règne, mais l'équilibre sera une nouvelle fois bouleversée lorsqu'une menace presque oubliée de tous refait son apparition...