500 tahun yang lalu umat manusia pernah merasakan bencana besar terparah dalam sejarah, Erupsi Pertama yang kemudian berubah nama menjadi Erupsi Honkai Pertama terjadi pada tahun 1524, Erupsi Honkai adalah masa dimana monster-monster yang bernama Honkai menyerang bumi dalam skala besar hingga memusnahkan setengah populasi dunia, dalang dari semua ini adalah Prometheus, dewi Honkai yang sudah lama ingin menghancurkan dunia dan menata ulang semuanya. Setelah Erupsi Pertama berakhir, umat manusia perlahan membangun lagi peradaban mereka hingga pada tahun 1930 para Honkai kembali lagi menyerang, periode ini dinamakan Erupsi Honkai Kedua, yang berakhir pada tahun 1945. Cerita akan berfokus pada tahun 2024, Takeru Reki, seorang pemuda SMA tahun ketiga yang sebenarnya memiliki kehidupan biasa-biasa saja sampai pada akhirnya dia mengetahui sebuah rahasia yang mengubah hidupnya untuk selamanya.