El inquisidor Thel 'Vadam ha sido transportado a un mundo desconocido y hostil para el. Los Combine están enterados de la aparición del científico cuyas hazañas no fueron olvidadas en Black Mesa, Gordon Freeman. Pero con la llegada de este fiero guerrero Sangheili, la resistencia tiene una posibilidad más, en contra de su esfuerzo de rebeldía contra la Unión Universal.