Pokémon Nexus: Ordine e Caos segue le avventure di Aiden, un giovane Allenatore, e i suoi amici, Lewis e Ava, nella regione di Aetoria. In questa terra, dove le forze del caos e dell'ordine si scontrano e si intrecciano, Aiden intraprende un viaggio per sfidare i 18 esperti dei tipi Pokémon, gareggiando nel prestigioso Gran Trofeo Maestro. Lungo il percorso, i protagonisti si confrontano con il Team Miasma e il misterioso gruppo Eclisse, i cui profeti incarnano visioni contrastanti di caos e ordine, mettendo a rischio l'equilibrio della regione. Mentre i leggendari Pokémon vengono risvegliati e potenti forze vengono scatenate, Aiden e i suoi amici devono unire le loro forze per proteggere Aetoria e svelare i segreti nascosti del Nexus, il punto di connessione tra ordine e caos.
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