Saigo no Teikō cuenta la historia de Seishu, un joven que, tras un accidente aéreo, despierta en una ciudad que no aparece en ningún mapa. Perdido y desconcertado, descubre que la ciudad está plagada de peligros inimaginables: demonios y mutaciones que acechan en las sombras. En su intento por encontrar respuestas, Seishu conoce a un grupo de jóvenes que forman parte del Clan Raigetsu, una organización que se dedica a cazar y erradicar estas criaturas para proteger la ciudad y sus secretos. Sin otra opción, Seishu decide unirse al clan, aprendiendo a luchar junto a ellos mientras buscan una forma de sobrevivir y restaurar la paz. A medida que se adentra en este oscuro mundo, Seishu descubrirá verdades ocultas sobre el origen de las mutaciones, la verdadera naturaleza de la ciudad y su propio papel en esta lucha desesperada. Para volver a casa, deberá enfrentarse a desafíos que pondrán a prueba su fuerza y valor, mientras forja lazos con los miembros del Clan Raigetsu, quienes se convierten en su única esperanza para sobrevivir.