Dopo la restaurazione delle Lacrime di Luce, i due eroi scoprono che i Guardiani, antiche macchine di protezione di Hyrule, sono impazziti e attaccano gli abitanti. Mentre cercano di rintracciare la causa, si imbattono nel Signore delle Ombre, un potente nemico del passato. «Qualcosa non va, Zelda. I Guardiani non dovrebbero comportarsi in questo modo,» commenta Link. «Dobbiamo scoprire il perché. Il Signore delle Ombre non può tornare,» risponde Zelda, tesa. Unendo le forze, Link e Zelda affrontano il Signore delle Ombre e riescono a riportare i Guardiani alla ragione, impedendo la distruzione di Hyrule e mostrando che persino le macchine possono essere emesse dal bene.
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