Après la défaite de Ganondorf, Hyrule semblait enfin en paix. Cependant, un sorcier mystérieux plonge le royaume dans le chaos, emprisonne Link dans un cristal et libère une ancienne force maléfique, Ahriman. Zelda, désemparée mais déterminée, découvre que seule la Lumière de la Triforce peut sauver Hyrule et Link.
Elle entreprend un périple pour récupérer trois reliques sacrées : le Sceptre des Marées, le Bouclier de Volcan, et la Lyre des Vents. Chaque relique est gardée par des créatures corrompues par Ahriman, et Zelda doit faire preuve de courage et de sagesse pour les obtenir.
Avec les reliques en sa possession, Zelda affronte Ahriman dans son temple, neutralise le Cœur d'Ombre alimentant le Fléau, et avec l'aide de Link, triomphe finalement des ténèbres. Hyrule, sauvé et restauré, entre dans une nouvelle ère de prospérité grâce à la bravoure de Zelda et Link.
Apr ès la chute de Ganondorf et la restauration de la paix sur Hyrule, Zelda retrouve enfin sa forme humaine après des siècles sous l'apparence du Dragon Blanc. Mais la transition n'est pas sans douleur. Entre le poids des souvenirs, les changements survenus pendant son absence et le lien fragile qui unit son cœur à celui de Link, un nouveau voyage commence. Cette fois, ce n'est plus un combat contre les ténèbres, mais une quête pour se retrouver, dans un Hyrule renaissant de ses cendres.