33 parts Ongoing No Colégio Seiryou, circulam rumores antigos sobre os "11 Mistérios da Escola", cada um guardando um segredo sombrio. A aluna do primeiro ano, Aika Nakamura, movida pela curiosidade e pela famosa lenda de Hanako, decide testar a coragem: ela bate três vezes na porta do banheiro feminino do terceiro andar, esperando invocar uma garota fantasma que realiza desejos.
Mas, para sua surpresa, quem aparece não é Hanako, e sim Shiney, um garoto espírito preso à escola há décadas, com olhos prateados e um sorriso travesso. Ele revela que os 11 Mistérios estão todos ligados e que algo maligno está tentando despertar - algo que ele sozinho não consegue conter.
Aika, sem entender por que Shiney criou um laço especial com ela, acaba formando uma equipe com seus amigos: Riku, o nerd das lendas urbanas; Mika, a garota esportista que não acredita em fantasmas; e Takumi, o misterioso estudante transferido que parece saber demais.
Juntos, eles precisam enfrentar um a um os mistérios - como a Sala da Música que toca sozinha à meia-noite, o Relógio que retrocede o tempo, e o Corredor sem fim do porão - antes que o último mistério desperte a entidade sombria que devorará a escola.
À medida que avançam, Aika descobre que Shiney não é apenas um espírito qualquer: ele guarda um passado trágico que envolve os próprios fundadores da escola... e talvez a chave para libertar ambos - a escola e ele.