Tras la épica derrota del Doctor Zomboss y su fallido Zombot 3000, el caos y la destrucción en Neighborville parecían haber llegado a su fin. Sin embargo, la batalla final fue solo el principio de un nuevo y misterioso reto. En el último enfrentamiento, Sombra Verde emergió de un portal dimensional, alertando a las plantas de una catástrofe inminente: Zomboss, ahora renombrado como Doctor Apocalipsis, ha viajado al futuro con un plan devastador para desatar el caos a través del tiempo y el espacio. El único objetivo de Apocalipsis es desestabilizar la línea temporal y provocar un colapso irreversible en el presente.
En un gesto de valentía, Lanzaguisantes, Girasol, Planta Carnívora y Nuez deciden seguir a Sombra Verde a través del portal, dejando atrás a Dave el Loco y la familia de Jonathan, quienes ven con orgullo y tristeza la partida de sus valientes amigos. Sin saber qué les espera al otro lado, las plantas se lanzan de lleno a lo desconocido, adentrándose en el Universo #313, también conocido como el universo de PvZ Heroes.
Este nuevo mundo está lleno de héroes y villanos, tanto zombis como plantas, con habilidades especiales y poderes extraordinarios. Cada bando está liderado por un elenco único de campeones, y las reglas del combate son completamente diferentes.
Lanzaguisantes, Girasol, Planta Carnívora y Nuez deben adaptarse rápidamente a este nuevo mundo, donde no solo enfrentarán hordas de zombis superpoderosos, sino que también deberán aprender a ser héroes por derecho propio.
A lo largo de su travesía, las plantas no solo pelearán para salvar el futuro, sino también para proteger los recuerdos que dejaron en Neighborville, sabiendo que todo lo que aman está en peligro si fallan. Mientras tanto, el Doctor Apocalipsis crece más poderoso con cada victoria, y el destino de ambos mundos depende de ellos...
¡El Multiverso está en peligro!