Em um mundo destruído pela opressão do governo e os ditos "Salvadores", um garoto muito especial nasce com uma individualidade única e extremamente perigosa. Sem pais, criado por uma tia abusiva e sendo caçado pelo governo, o jovem Izuku Midoriya de 13 anos, procura, já cansado e sem esperança, por um lugar onde possa ser aceito.
Será que uma pequena aliança, coordenada por Nezu, Shota Aizawa e Hizashi Yamada poderia ajudar o garoto a finalmente controlar os seus poderes? ou será que o governo o encontrará primeiro?
Essa história se passa muitos anos antes da serie original, no inicio de tudo, quando as individualidades começaram a aparecer, nesse ponto, apenas 10% da população mundial nascia com algum tipo de poder.