Jejak Waktu mengisahkan perjalanan empat sahabat yang menghadapi cobaan cinta, persahabatan, dan rahasia yang menguji kedekatan mereka. Alya, Rangga, Dimas, dan Nadine telah tumbuh bersama sejak kecil, namun kehidupan remaja membawa mereka pada perubahan yang tak terduga. Ketika Alya jatuh cinta pada Dimas, sahabatnya, Rangga, yang diam-diam mencintainya, merasa dikhianati. Persahabatan mereka mulai retak, diperparah dengan terungkapnya rahasia masa lalu Dimas yang kelam.
Mereka harus menghadapi perasaan rumit yang menghantui, mengungkap kebenaran, dan saling memaafkan untuk menyelamatkan hubungan yang telah lama mereka bangun. Dalam perjalanan ini, mereka belajar bahwa cinta bukan hanya tentang memiliki, tetapi tentang memahami dan menerima. Persahabatan mereka diuji, tetapi pada akhirnya, mereka menyadari bahwa yang paling penting adalah saling mendukung dan menjaga satu sama lain.