Sea of Secrets se passa em Busan, uma cidade dividida entre os ricos (os Kooks) e os pobres (os Pogues). Seguindo um grupo de adolescentes Pogues: Jeon Jungkook (filho de um Kook e líder do grupo), S/n Díaz, Kim Taehyung, Kang Haewon e Kim Namjoon (um nerd obcecado por livros, história e programação). Juntos, eles embarcam em uma perigosa caçada ao tesouro depois de descobrirem pistas sobre o desaparecimento do pai de S/n.
Ao longo da história, o grupo enfrenta conflitos com os Kooks (especialmente Jungkook, por ter sangue Kook, o que o obriga a escolher um lado), autoridades e até entre si mesmos. À medida que desvendam segredos envolvendo uma fortuna em ouro, traições e reviravoltas inesperadas, os adolescentes lidam com questões de amizade, lealdade, romance e desigualdade social.