Han pasado dos décadas desde que Ben Tennyson salvó al universo por última vez. Ahora, como un hombre adulto, lleva una vida estable junto a su esposa Kai Green y su hijo, Ken Tennyson, quien comienza a mostrar interés en seguir los pasos de su padre como héroe. Ben, aunque todavía porta el Biomitrix, ha optado por una vida más tranquila, dejando atrás sus días de enfrentamientos intergalácticos.
Pero esa paz se ve interrumpida cuando Albedo, su antiguo rival, escapa de una prisión intergaláctica de máxima seguridad. Tras años de encierro, Albedo ha perfeccionado una creación devastadora: el Superbiomitrix, una versión avanzada y corrupta del Omnitrix, que le permite fusionar el ADN de múltiples alienígenas en monstruos imposibles de derrotar. Su objetivo es claro: vengarse de Ben y reclamar el control de la galaxia.
Cuando Albedo comienza a atacar planetas enteros, Ben se ve obligado a salir de su retiro. Pero esta vez, no lucha solo. Con el apoyo de Kai, Gwen, Kevin y, sorprendentemente, su hijo Ken, Ben se embarca en una nueva misión para detener a Albedo. Durante su viaje, descubrirán secretos ocultos del Biomitrix, incluyendo la capacidad para crear fusiones alienígenas controladas, que podrían igualar el poder del Superbiomitrix.
A medida que los Tennyson enfrentan amenazas inimaginables, Ben también debe lidiar con las responsabilidades de ser un esposo y padre, mientras Ken lucha por demostrar que está listo para el legado heroico de su familia.
Luego de una ruta genocida, Sans pierde en la ultima batalla contra la Humana. Sin embargo un Hombre que dice ser el reemplazo de Dios, hace un trato con el monstruo. "Te prestaré mi ayuda si tu me das la tuya"
Sans acepta y comienza una "Nueva Ruta"