La historia se sitúa en el mismo universo del Rebuild of Evangelion, durante los eventos de la segunda película, cuando los tres EVAs se enfrentan al inminente ataque de Sahaquiel. Este ángel, que desciende desde el espacio, planea autodestruirse al impactar directamente contra la base de NERV, amenazando con provocar una catástrofe sin precedentes.
En medio de este caos, Shinji experimenta una epifanía peligrosa debido al alarmante índice de sincronización que alcanza para lograr detener al ángel. Esta conexión, llevada al límite, desencadena en él un cambio trascendental. Las palabras de su padre, dichas en un momento crucial, se entrelazan con esta experiencia, marcando un giro decisivo que alterará el curso de la historia para siempre.