Após os acontecimentos de Boruto: Two Blue Vortex, finalmente a paz voltou a reinar no Mundo Ninja por um longo tempo.
Sarada Uchiha foi eleita como a 10ª Hokage de Konoha por Konohamaru, que era o 9º Hokage. O novo conselheiro de Sarada é Shikadai Nara, e Himawari Uzumaki uma candidata a ocupar o posto de Hokage futuramente.
Boruto Uzumaki e Sarada Uchiha tiveram um filho chamado Saruto Uchiha. Saruto ainda não tem um sonho, mas pretende procurar por ele e seu destino no Mundo Ninja.
Naruto e sua esposa, Hinata, continuam presos na dimensão criada por Kawaki, que se recusa a libertá-los. Diante disso, Boruto não teve outra escolha senão fazer com que Kawaki fosse detido, permanecendo sob vigilância constante enquanto realiza trabalho prisional como jōnin. Apesar disso, Kawaki ainda pode visitar sua família.
Boruto carrega a culpa de não conseguir trazer de volta seu irmão nem seu mestre. Para honrá-los, ele se torna o braço direito de sua amada esposa, Sarada Uchiha, assumindo o papel de Hokage das Sombras igual a seu mestre.
Todos finalmente escapam da influência da onipotência de Eida, que foi derrotada. Mitsuki decide seguir a carreira de médico, enquanto Sumire se torna uma cientista. Já Himawari alcança o posto de jōnin, sendo vista como uma possível futura Hokage de Konoha. Ela carrega a Vontade do Fogo, assim como Sarada e seu pai, Naruto, que ela deseja tanto honrar.