Dans "Sonic : Le Ninjas du Chaos", Sonic le Hérisson, accompagné de son fidèle ami Tails, se rend à l'Académie des Ninjas Émeraude pour affiner ses compétences au-delà de sa vitesse légendaire. Là, il rencontre Amy Rose, une ninja en devenir pleine d'ardeur, et Knuckles, le gardien des émeraudes du Chaos, avec qui il souhaite forger des liens d'amitié. Cependant, leur entraînement est assombri par une menace croissante : les mystérieux Agents G commencent à surveiller la ville avec une attention particulière, cherchant à déjouer toute intrusion suspecte. Shadow le hérisson rouge et Omega, le puissant robot, sont également de la partie, patrouillant les rues pour débusquer les signes des Ninjas du Chaos. Sonic doit non seulement maîtriser l'art du ninja mais aussi naviguer dans cette toile de surveillance pour protéger ses nouveaux amis et découvrir les secrets derrière le retour des Ninjas du Chaos. Plongée dans l'action, l'amitié et le mystère, cette aventure promet de révéler une nouvelle facette de Sonic, où la vitesse n'est pas le seul atout.
Bill Cipher est de retour et est bien décidé à prendre sa revanche. Les jumeaux, maintenant âgés de 18 ans, sont sa cible principale. Mais il décidera tout de même de s'occuper de son cher Pinetree en premier...