Tras 10 años de la derrota de los REGENTS en "Battleship" (2012), el capitán Nagata, ahora un veterano respetado, se enfrenta a una nueva amenaza que pone en peligro la paz mundial. Con la experiencia y sabiduría adquiridas a lo largo de los años, Nagata reúne a un grupo de marinos de élite de Japón para abordar el legendario acorazado USS Yamato, restaurado y mejorado con tecnología de vanguardia.
Entre los nuevos reclutas se encuentran Ruby Rose, una joven cazadora con habilidades excepcionales en combate cuerpo a cuerpo y manejo de armas; Edward Elric, un alquimista prodigio capaz de manipular la materia a su voluntad; y Eren Jaeger, un soldado decidido formidable. Juntos, forman un equipo diverso y poderoso, listo para enfrentar cualquier desafío.
Mientras navegan por los mares, el equipo se enfrenta al regreso de los Regents, quienes han vuelto con una fuerza renovada y una sed de venganza. Sin embargo, la situación se complica aún más con la aparición de Godzilla, el rey de los monstruos y los Kaiju, criaturas colosales que amenazan con destruir todo a su paso. La tripulación del Yamato debe aprender a trabajar en conjunto, superando sus diferencias y fortaleciendo sus lazos, para proteger a su nación y al mundo de esta nueva invasión alienígena y de los monstruos gigantes. Con Ruby, Edward, Eren, y el poder del Yamato, la humanidad tiene una oportunidad de sobrevivir a esta catástrofe.