Um novo futuro ao seu lado
100 anos se passaram apos X e Zero terem participados da Guerra Elfa,sacrificando a vida de X pela humanidade e pela terra,parando a guerra de uma vez por todas.
Anos depois,durante esse período ,Zero com suas memorias perdidas,obteve suas aventuras ao lado de Ciel com nova Base "A Resistência ",onde também sacrificou sua vida pela Humanidade,mas durante dias depois,o Reploid havia sobrevivido a queda de Ragnarok e voltado a Neo Arcadia,trazendo consigo o corpo de X intacto ao realizar um desejo da Elfa Mãe ,trazendo a Paz para o local como sempre desejaram. Era um final perfeito para todos ate que dois novos Reploids surgirem der repente,onde eles iram se ajuntar a Base da Resistência e lutaram contra um novo inimigo para impedir que um novo Vírus se espalhar pela terra, caso ao contrario,a humanidade estará ameaçada novamente de extinção.