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Naruto Uzumaki, el hechicero más poderoso de su mundo, se encuentra en una situación inesperada: ha sido transportado al Universo Cinematográfico de Marvel (MCU) junto con sus leales "sombras", un grupo de mujeres con habilidades especiales que conforman su harén. Tras la destrucción de su hogar a manos de los "no mágicos", Naruto y sus compañeras buscan un nuevo refugio, pero su llegada a la Tierra llama la atención de S.H.I.E.L.D., la agencia de inteligencia liderada por el Agente Phil Coulson.
Naruto, consciente del peligro que representan los superhéroes de este nuevo mundo, decide jugar al espía con Coulson, ocultando su verdadera naturaleza y sus intenciones mientras intenta contactar con su gente y evaluar la viabilidad de este nuevo mundo como un posible hogar. Sin embargo, la impulsividad de una de sus sombras, Neo, y sus propios errores complican la situación, atrayendo la atención no deseada de S.H.I.E.L.D. y poniéndolo en la mira de los Vengadores.
Dividido entre su orgullo de guerrero, su deseo de proteger a sus seres queridos y la necesidad de encontrar un nuevo hogar para su gente, Naruto deberá navegar por este peligroso mundo, lidiar con agencias de inteligencia, superhéroes y sus propios conflictos internos, mientras busca una solución a un problema que parece no tener salida. ¿Podrá Naruto encontrar un nuevo hogar en el MCU, o la Tierra se convertirá en otra víctima de la guerra entre magia y tecnología?