13 chapitres Terminé Han transcurrido dos meses desde el Incidente Mágico en el Campamento Everfree, la paz y la armonía parecen haber regresado a las calles de Canterlot City, pero este ambiente de tranquilidad y calma llega rápidamente a su fin cuando Twilight Sparkle, una joven e inteligente estudiante de Canterlot High School, recibe una carta de aceptación que la invita a formar parte del Programa de Estudio Independiente del Instituto Everton, una institución educativa que goza de un enorme prestigio dentro y fuera de los Estados Unidos de América debido a que en sus aulas y laboratorios solo estudian e investigan los mejores alumnos y las mentes más brillantes del mundo.
Acompañada por Cadance, la joven Directora de Crystal Prep Academy, la chica emprenderá un viaje al Instituto Everton sin saber que, en aquel lejano lugar, se reencontrará con Moon Dancer, una vieja amiga de su infancia y quien, junto con otra chica, se encuentra trabajando en un experimento biológico que involucra a un misterioso virus cuyos efectos parecen traer beneficios a la salud de los seres humanos, garantizando así un mundo libre de enfermedades y con personas que estan al alcance de lograr la inmortalidad.
Sin embargo, un extraño brote vírico se desatará dentro de las instalaciones de la escuela dando origen a una misteriosa enfermedad que convertirá a sus moradores y visitantes en monstruos sin alma y con un hambre insaciable por la carne humana, por lo que ahora dependerá de Twilight Sparkle, Cadance, Moon Dancer y dos nuevas aliadas escapar del Instituto Everton y descubrir la verdad detrás del incidente antes de que sea demasiado tarde.
Ambientado en el Universo de Equestria Girls y basado en la Historia de Resident Evil 0.
