Justo antes de los sucesos ocurridos en FINAL NINJA EPISODIO 1: BECOME A LEGEND hay una historia que será clave de el futuro del protagonista Takeshi Yamamoto, relata los acontecimientos ocurridos dos años mencionados en el primer episodio. Takeshi es un joven con un gran ingenio y conocimiento de la mecánica y la tecnología decide ir a la cuidad y a unirse a la Armada privada de la corporación Ind. Complex, para poder llamar la atención de Complex se da a la Tarea de ayudar a la gente y sorprender con sus habilidades de combate, pronto esto se tornaría peligroso y obscuro, pues nada es lo que parece, Takeshi vivirá algo que cambiaría su destino para siempre, para luego Convertirse en un Héroe.