Selepas kejadian dalam Ejen Ali: The Movie 2 - Misi: SATRIA, Alicia hilang ingatan sepenuhnya akibat terperangkap dalam dimensi Satria ketika menyelamatkan Ali. Ali, yang selamat keluar, kini berdepan rasa bersalah kerana rakannya terkorban demi nyawanya. General Rama mempercayakan Ali untuk menjaga Alicia dan memastikan keselamatannya, walaupun Satria kini telah ditarik semula oleh M.A.T.A kerana dianggap terlalu berbahaya.
Dalam masa yang sama, M.A.T.A menghadapi krisis dalaman - ejen Dayang digantung tugas, ejen Ganz bersetuju mencari bukti untuk menghapuskan Cero, dan Rizwan, bekas ejen yang kini bekerja bebas, menyalurkan panduan serta motivasi kepada Ali. Ali diberi misi untuk menyiasat siapa dalang yang mendedahkan identiti ejen dan menghalang ancaman Cero, sambil mencari cara memulihkan ingatan Alicia.
Dalam perjalanannya, Ali menyedari ada "pengacau bertopeng" yang membantu misi secara senyap. Kejadian mengejar dua bertopeng membawa Ali tersedar bahawa ejen Zain dan Djin masih hidup - dua bekas ketua teras yang dianggap mati. Selepas diselamatkan oleh mereka, Ali membawa Rudy secara senyap untuk mengetahui kebenaran. Rudy, yang tegas dan ikut undang-undang M.A.T.A, mula yakin selepas menyaksikan bukti kebusukan organisasi dan ancaman sebenar.
Kini, Ali, Rudy, Zain, dan Djin bersiap untuk menghadapi cabaran seterusnya: memasuki dimensi Satria, menyelamatkan Alicia, dan menentang Cero serta dalang di sebalik kehancuran Cyberaya, sambil menyingkap sisi gelap M.A.T.A dan Dato' Othman
Kes pembunuhan bersiri berlaku berturut-turut dalam satu minggu. Nadine Huan cuba menyelesaikan kes misteri itu sepantas mungkin memandangkan liputan media sibuk membahas kredibiliti anggota polis. Dia percaya lambang yang dia bawa di dada bukan hanya kerjaya tapi juga amanah dan tanggungjawab.
"Kita ada pengkhianat."- Nadine Huan.
Penyiasatan mereka tak ubah seperti permainan yang dimainkan oleh seseorang. Setiap langkah dan keputusan selalu diperhatikan. Nadine menyedari akan masalah utama.
"Awak tak percayakan saya?"- Hans Ilhan.
Nadine sedar pembunuhan bersiri itu ada hubungkait dengan orang sekitarnya. Namun kematian yang berlanjutan ke atas orang-orang yang terlibat dengan dadah buat Nadine mula kehilangan moral dan arah. Apatah lagi artis terkenal yang menempa nama di industri lakonan disyaki turut terlibat dalam pembunuhan itu. Adiknya.
"Kau yang dorong aku untuk buat benda ni."- Carla Huan.
Hari demi hari, dia makin gila. Nadine membuat keputusan yang tak pernah dia fikirkan. Dia akan tamatkan semuanya dengan caranya sendiri memandangkan pembunuh itu makin tak terkawal.
Misinya: Bunuh The Reaper.
"Jangan buat macam ni, Nad. Tindakan awak ni salah!"- Hans Ilhan.
"Walau apa pun yang jadi, kami percayakan puan."- Inspektor Khairy Afghan.
"Jangan sentuh dia kalau kau tak nak mati!"- Que.
Mampukah Nadine menghentikan pemburuan The Reaper dengan cara yang benar? Atau perlukah dia menamatkan riwayat adiknya agar nama adiknya itu tidak akan tercemar?
Warning ⚠️: There is a violent scene and a trigger scene.