Motunui n'a plus la paix d'autrefois. Depuis plusieurs lunes, l'océan n'apparaît plus comme un allié bienveillant. Il se tait, se retire, puis se met à murmurer. Vaiana, désormais cheffe du village, entend ces voix plus que quiconque. Elles chuchotent son nom... et réclament quelque chose.
Un matin, le cœur de Te Fiti réapparaît sur la plage, mais brisé en deux. Autour de lui, les coquillages sont brûlés, les algues noircies. La mer, elle, ne joue plus avec Vaiana : elle l'observe. Sa grand-mère Tala lui avait un jour confié que certaines âmes n'étaient pas sauvées par l'océan, mais gardées par lui.
Vaiana découvre alors, dans la grotte des anciens navigateurs, une pirogue oubliée, marquée d'un symbole : un œil entouré de vagues. Gravée sur le bois, une phrase glaçante : « Celui qui vogue sans être choisi devient l'offrande. » Malgré cela, Vaiana sent qu'elle doit repartir. Mais cette fois, l'océan ne la porte plus... il la laisse.
Elle retrouve Maui, brisé et méfiant. Un de ses tatouages a disparu et il affirme que Te Fiti n'est plus le problème : c'est l'océan lui-même qui veut récupérer ce qui lui appartient. Il possède la seconde moitié du cœur fissuré, gravée dans sa chair. Ensemble, ils traversent des mers devenues rouges au crépuscule, hantées par les silhouettes des navigateurs disparus.
Au lieu de retrouver Te Ka, ils découvrent une île morte. Te Fiti y repose, pétrifiée, sans visage. De l'arbre noir au centre coule une sève rouge comme du sang. Une silhouette surgit : le reflet sombre de Vaiana. Son double, fait d'eau obscure, lui révèle la vérité : quand l'océan a choisi Vaiana autrefois, il en a abandonné une autre. Cette Ombre exige ce qui lui a été volé : sa place, son cœur, sa vie.
L'océan réclame un sacrifice. Vaiana n'a que deux choix :
Donner son propre cœur et devenir l'esprit des marées oubliées, ou
Offrir Maui, dont le tatouage manquant agit comme un sceau divin capable d'apaiser l