Tras el final de la serie animada, Bruce Wayne se retira debido a su condición física, entregando el manto a Izuku Midoriya, un joven sin Don pero con un CI de 200 y una voluntad inquebrantable. Izuku opera desde las sombras de Gotham utilizando tecnología de vanguardia (Bat-Lanzallamas, Disruptores PEM, Anillos de Kryptonita). Mientras tanto, en la UA, la ausencia constante de Izuku y sus notas impecables en criminología levantan sospechas.
Una serie de filtraciones de seguridad en la UA coincide con los avistamientos de este "Nuevo Batman". Nezu y el consejo de héroes, incapaces de explicar cómo un chico sin Don tiene acceso a armamento militar y equipos de análisis forense, llegan a la conclusión de que Izuku es el traidor que alimenta a la Liga de Villanos. El Gobierno, sin embargo, maneja una teoría distinta: creen que es un activo secreto del Detective Naomasa, una unidad de operaciones negras diseñada para vigilar a los héroes.
Izuku descubre que el verdadero traidor es un infiltrado de Máscara Negra y el Espantapájaros dentro del sistema informático de la UA. Para limpiar su nombre, debe actuar como un Escapista Experto, huyendo de sus propios compañeros (Bakugo, Todoroki, Iida) quienes intentan arrestarlo. La trama se convierte en un duelo de estrategias donde Izuku utiliza su Memoria Fotográfica y sus dotes de Gran Inventor para ir un paso por delante de la Clase 1-A y de los villanos simultáneamente.
La trama culmina en una confrontación masiva en la Torre de Comunicaciones de Gotham. Izuku derrota a una alianza entre Bane, Deadshot y Cara de Arcilla utilizando su arsenal completo (Bat-Sierra, Bat-Espada Plegable y Granadas de Termita). Al final, entrega las Bolsas de Evidencia que prueban la identidad del verdadero traidor a la UA.
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