A personagem principal é Emily, uma menina tímida, solitária e nada popular na escola. Sem amigos, ela encontra nos livros o seu maior refúgio. Desde pequena, vê a biblioteca como um lugar mágico, seu esconderijo secreto para sonhar, imaginar e se sentir pertencente a algum lugar.
Certo dia, ao voltar da escola, uma forte chuva começa a cair. Sem ter onde se abrigar, Emily decide esperar a tempestade passar perto da casa da senhorita Ellen, uma senhora de 75 anos que mora sozinha e é vista por todos como uma espécie de "bruxa", por ter três gatos e viver isolada.
Enquanto observa o local, Emily percebe, pela janela do porão, várias pilhas de livros empoeirados. Curiosa e encantada, ela cria coragem e bate à porta. Para sua surpresa, a senhorita Ellen a atende. Com educação e sinceridade, Emily explica que ama livros e gostaria muito de ver aqueles que estavam no porão, garantindo que não tocaria em nada sem permissão.
Sensibilizada, Ellen decide confiar na menina e revela um segredo: todos aqueles livros foram escritos por ela mesma, ao longo de sua vida, mas nunca foram publicados por causa de sua extrema timidez.
A partir desse dia, Emily passa a visitar a casa de Ellen frequentemente, encantando-se com cada história. Aos poucos, ela organiza o porão, transformando-o em uma verdadeira biblioteca secreta. Entre leituras, conversas e confidências, nasce uma linda amizade entre as duas.
Porém, Ellen impõe uma condição: Emily não poderia contar a ninguém sobre a biblioteca ou sobre seus livros.
O tempo passa, e no aniversário da senhorita Ellen, Emily decide fazer uma surpresa. Em segredo, ela publica o livro que mais gosta, escrito por Ellen, acreditando que estaria realizando um sonho da amiga.
O que Emily não esperava era a grande repercussão. O livro se torna um sucesso, e em pouco tempo, várias pessoas vão até a casa de Ellen para conhecê-la, ouvir suas histórias e visitar a misteriosa biblioteca.
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