Während die große Armee der Republik auf den riesigen Schlachtfeldern kämpft, erledigt eine speziell trainierte Klontruppe, Shadow Trooper genannt, auf dem Planeten Geonosis verdeckt ihre Mission: Einen Handlanger der Seperatisten ausfindig machen und eleminieren.Doch bevor sie die Mission erfolgreich beenden können, wird ihr Schiff abgeschossen und der Kampf ums Überleben beginnt.