Yandere-chan es una chica de 16 años nacida en Osaka, que, por problemas personales, ella y su madre se van a vivir a Tokyo. Yandere-chan no tiene padre, murió una noche hace 3 años en un brutal asesinato.
Ella interna en un instituto cerca de su nuevo hogar, pero... Yandere-chan no parece encajar, hasta que un día, un chico entra por la puerta de la clase en la que estudiaba ella, lo que hizo que su vida y poco a poco todas las del instituto cambiaran.
A partir de ahí, el querido diario de Yandere-chan se convertirá en sus pensamientos. Todo lo que ella piense y haga, quedará grabado ahí, para siempre.
(Capítulos cada Lunes, Miércoles y Viernes)