Misaki Takashi, un estudiante de 18 años tiene problemas para lograr entrar en la universidad que quiere, por lo que su hermano le pide a su mejor amigo, Akihiko Usami un afamado escritor de novelas, que sea el tutor de Misaki. En un principio no se llevaban bien debido a que Misaki descubre que el escritor está enamorado de su hermano y escribe novelas homo-eróticas de sus fantasías con él sin que nadie más lo sepa, sin embargo comienzan a surgir nuevos sentimientos entre ambos, llegando a tener un romance, por el cual pasarán diversas situaciones que afectarán a la pareja. Siguiendo la misma línea argumental, veremos a otras dos parejas más, ligeramente conectadas con los protagonistas, mostrándonos otro tipo de relaciones y características, las cuales reciben el nombre de Junjou Egoist y Junjou Terrorist.