Rin es programada para ser una asesina insaciable, de manera que siempre sigue las instrucciones. No recuerda nada de su pasado, excepto algunos recuerdos que no hacen más que confundirla, preguntándose sobre la razón de su propia existencia, resuelta superfluamente por el placer de matar. Len, por otro lado, se unió al grupo de los "buenos", según él. Recordar a Rin lo carcome por no haber podido hacer nada, seguramente piensa que está muerta. El rencor le ha hecho alguien frío y cruel. Len y Rin eran muy cercanos y alguna banda violenta raptó a Rin para hacer experimentos con ella. En el momento del secuestro, al intentar resistirse ambos pierden un ojo. Miku y aquel hombre que la acompañaba, KAITO, que parece ser el líder del grupo del cual Len forma parte, son parte de aquella asociación. El experimento era crear Karakuris a partir de personas reales.
"Karakuri" es una marioneta mecánica capaz de realizar sencillos trucos reprogramados. También puede referirse metafóricamente a una persona que sigue las órdenes ciegamente.
"El tiempo sigue avanzando. El crimen organizado y la policía especial, las karakuris y los agentes. Dos personas se reencontraran esta noche, y lucharán hasta que uno de ellos quede destruido. Destruir, es la única razón para la que existe."