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Dans un monde prônant l'expression « le bien-être de chacun qui contribue au bien-être pour tous, une fois son objectif atteint et maintenu à son point cumulant, conduit donc à la préservation de l'humanité. », Kalhen et Miach deux sœurs orphelines luttent main dans la main pour se dresser face à ce système totalitaire. Connu sous le nom de AEGIS, dirigé par la firme nippon-américaine Kisaragi Sprinfield Corporation, les forces de l'ordre ont appréhendé une grande partie des insurgés, se sentant piégés dans un corps immuable à partir d'un certain âge, et se voyant privés de la quasi-totalité de leurs libertés, en l'occurrence de leur droit à la vie privée ou à la libre-circulation vers l'extérieur.

Suite à la rébellion de 2184 dans les quartiers de Tokyo, Kalhen est depuis à la tête de Vermillon et s'apprête à engager avec son groupe une nouvelle offensive huit ans plus tard. D'une part, assiéger l'ambassade américaine pour faire pression au Central et forcer l'arrêt du superordinateur AEGIS. D'autre part, délivrer sa sœur jumelle Miach et autres compagnons d'armes de leurs mains. Une organisation terroriste, se faisant appeler par Nemesis, a pu pirater le réseau et propager un message dans le monde entier, comme quoi ils ont la ferme intention de répéter la même tragédie dans les années 2050, le Grand Fléau. C'est l'annonce de la fin d'une utopie, mais aussi celle de l'extinction imminente du genre humain.

Cette histoire est une réadaptation de l'oeuvre original Harmony de Project Itoh.