Danzou è diventato il sesto hokage dopo l'attacco di Pain e adesso può fare tutto quello che vuole, in cuor suo però teme l'ultimo Uchiha rimasto. Allo stesso tempo, Tsunade si trova ancora in coma, e Sakura diviene un Anbu della Radice, organizzazione sciolta dal terzo hokage ma ripristinato di nuovo da Danzou, il suo creatore e passa agli ordini del neo hokage sotto lo stupore dei suoi amici. Nel frattempo a Otogakure, è stato nominato un nuovo Otokage ma la sua identità è avvolta completamente nel mistero ma sarà Sakura a scoprire il suo nome durante una sua missione. Missione che la ricongiungerà con l'amore della sua vita.