Después de varios años afectados por los ataques de varias organizaciones terroristas como fue el Team Rocket en Kanto, los equipos Magma y Aqua en Hoenn o el Galaxia en Sinnoh, el mundo Pokémon se puso de acuerdo y se aumentó la seguridad persiguiendo todo acto delictivo creando un cuerpo secreto de entrenadores Pokémon muy poderosos. La edad permitida para abandonar tu ciudad en busca de medallas o concursos fue subida hasta los quince años. Esta es la historia de un chico de esa edad de Pueblo Paleta que acaba de graduarse del Instituto Pokémon y tiene como meta convertirse en uno de los mejores entrenadores de la región de Kanto. Acompañado de sus amigos de la infancia le esperan una cantidad de aventuras peligrosas que tendrá que superar junto a su equipo.