City of the Youngs. Di kota ini yang dihuni oleh orang-orang berusia 0-35 tahun, seorang anak lelaki ras Jepang, Naoki Fushimi, melakukan perjalanan dalam rangka pencatatan sejarah. Dalam perjalanannya, ia bertemu Allen Walker, seorang lelaki misterius yang membukakan gerbang pengetahuan baru bagi Naoki tentang seluk-beluk kota misterius ini.
Allen yang semula Naoki kira tidak berumur jauh darinya ternyata telah memasuki usia 34 tahun. Dua tahun bersama Allen, Naoki melanjutkan pencatatan sejarahnya. Ketika Allen akhirnya menginjak umur 36 tahun, Naoki akhirnya melihat untuk pertama kalinya proses 'penangkapan'. Dan dirinya untuk pertama kali tidak mampu mengontrol emosinya. Semuanya terjadi begitu cepat dan Naoki tidak menyadari aksinya. Ketika ia akhirnya sadar, ia menemukan mata palsu Allen dalam ranselnya.
Seolah mata palsu itu berkata pada Naoki untuk mencari pemiliknya, Naoki memulai ulang perjalanannya dengan tujuan mencari Allen. Dalam perjalanannya itu, ia bertemu Levi, bocah berumur 12 tahun yang tidak memiliki tujuan; Schala, perempuan tomboy berumur 17 tahun dengan isu perilaku bermasalah; dan Hena, seorang perempuan berumur 15 tahun yang sangat cantik dan merupakan perempuan pertama yang membuat Naoki terkesima.
Akankah Naoki menemukan Allen? Atas tujuan apa Levi, Schala, dan Hena, ingin mengikuti Naoki dalam perjalanannya mencari orang asing bernama Allen? Apakah yang terjadi di balik dinding yang memerangkap penduduk City of the Youngs? Dalam perjalanannya, Naoki dan kawan-kawan akhirnya menginjakkan kaki pada tempat yang sebelumnya mereka tidak pernah sangka akan mampu menjangkaunya.