Prologue : En l'an 2018 du calendrier impérial, le 99ème empereur de Britannia, Lelouch vi Britannia, est mort. Tué par Zéro, qui n'est autre que Suzaku Kururugi, fait passer pour mort. Ne pouvant quitter ce masque, il se dévoue alors corps et âme pour protéger et rendre le monde meilleur. Cependant, la Russie, colonie de Britannia, commence à se rebeller... Akane Yamada, pilote d'élite des Knightmares Frames de l'armée rebelle russe, renverse ses ennemis. Prenant exemple des attaques menées par l'Ordre des Chevaliers Noirs dans le passé, les rebelles renversèrent l'oppression britannienne. Mais Akane ne voulant pas en rester là, décida de se mettre à la recherche de C.C, dans le but de découvrir le Geass, et de l'obtenir pour renverser Britannia dans les autres pays. Mais son périple ne sera pas de tout repos, à cause d'un pilote mystérieux...