Después de la batalla de Alicia en el país de las maravillas, ella se vuelve a cruzar con el conejo blanco más apurado que nunca. Alicia sorprendida lo sigue hasta el pozo donde hace ya 1 año cayó. Después de entrar por la pequeña puerta parlante con ayuda de los pasteles mágicos, Alicia se encuentra en un mundo totalmente distinto al que había visto hace 12 meses; ahora es un lugar oscuro, con las flores marchitas y los animales escondidos. Una nueva reina, aún más cruel que la destronada reina Roja, dirige al país de las maravillas. Alicia se encargara de ayudar a los habitantes de este increíble lugar por segunda vez.