Bir barmen olan desmond milesin abstergo laboratuvarları tarafından atalarının yaşadıklarını araştırmak için kaçırılması ve animus adlı cihaza bağlanmasıyla başlar. Uyandığında ise kendini 1076 yılında romada tapınakçılara karşı suikastler düzenleyen atası altair in yaşadıklarını yaşarken bulur.ama abstergo bilim adamları bununla sınırlı kallmaz,çünkü desmond un zihninde diğer dört atasının yaşadıklarıda gizli dir.desmond animusun içinde tarihte bir ileri gidip,bir geliyor.bir altair,bir jacob,bir arno,bir edward oluyordu.bu yüzden desmond un zihni hem gerçek dünya da,hem de animus un içinde sırlarla doluydu,bu sırları çözmesi içinde tüm atalarının yaşadıklarını tekrar yaşayıp neler olup bittiğini anlaması lazımdı ve her öğrendiğini abstergo bilim adamlarına söylemeli miydi?