X

Gelecekte "X" adlı bir örgüt, dünyanın ve diğer gezegenlerin belirli yerlerinde , farklı zaman ve boyutlara açılan kapılar olduğunu keşfetmiştir. Bu kapılar, bilinmeyen bir güç tarafından korunmaktadır. Bu kapıları koruyan "İkimono" adlı yaratıklar bulunmaktadır. Zaman bekçileri de denilen bu yaratıklar, normal insanlara görünmezlerdir.
"X", Laboratuvarlarda insanların klanını üretecek, insanların içine çip yerleştirip düşünce ve hareketlerini kontrol edecek kadar teknolojisini geliştirmiştir. Bu örgüte isteyen kişi üye olamaz, geçmişten veya gelecekten güçlü insanları "O" belirleyip onaylar, "Avcılar" bölüğü seçilenleri geçmişten/gelecekten getirir. Kisi istemese de , "O" tarafından seçildiyse, zorla getirilir. Tek amaçları "zaman kapıları"nı "O" nun emriyle keşfetmek, bulup açmaktır . Fakat rakiplerine karşı işleri hiç de kolay olmayacaktır.
Baş karakter Kiyoshi, bir köyde, sırtındaki garip doğum lekesiyle doğmuştur. O zamanın inançları gereği, doğum lekesiyle doğmuş olanlar lanetli kabul edilir, yakılırlardı. Fakat Kiyoshi, en yakın dostu Akinori'nin desteği sayesinde lekesini gizlemeyi başarmıştır. Bu nedenle Kiyoshi, hayatta yalnızca dostuna güvenmektedir. Annesi hayatta değildir. Babası tarafından terk edilmiştir. Ve en yakın dostunun kendisine ihanet edecği aklının ucundan bile geçmemektedir. Ve Kiyoshi, "O" tarafından seçilmiştir...