Dès la fin de sa dernière année de collège, Brian Barker, 15 ans, retrouve ses amis et coéquipiers au sein du QG Principal de Yokohama, sa ville d'accueil au pays du soleil levant. Désireux de devenir un Leader plus accompli et d'augmenter ses compétences en tant qu'agent secret, il profite pleinement de ce séjour de formation et d'entraînements intensifs, sans toutefois tirer un trait sur les projets de vacances du groupe. Mais dans la foulée, des évènements étranges au sein du Bureau interpellent l'équipe n°3. Du départ inexpliqué de l'un des meilleurs agents du QG jusqu'à l'annonce d'une cyber-attaque potentiellement causée par un traître à l'organisation, les agents s'interrogent tout en laissant au QG le soin de remédier à la situation. Jusqu'à ce qu'un événement particulièrement tragique ne les incite à se mêler à l'enquête interne. Aussitôt embarqués dans une opération clandestine, Brian et ses amis sont encore loin de se douter de l'ampleur inquiétante que prendra leur initiative...