Uma vila minúscula é governada pelo "Pastor", um governante bondoso e carismático, que administra muito bem seu povo, mas eventos perturbadores começam a ocorrer com os Pokémons que viviam pacatamente com os habitantes, e um grupo de expedicionários parte para descobrir a fonte do problema. Apenas um desses expedicionários retorna, e cabe então ao filho do "Pastor", Yann Fauster, descobrir o que aconteceu com seu pai e companheiros. Uma viagem entre o passado e o futuro levará Yann a descobrir fatos que mudarão para sempre sua vida e o modo como ele observa a relação entre os humanos e os Pokémons.
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