Chaque année, le professeur Seko choisit trois enfants ayant 12 ans pour leur confier à chacun un pokemon et un pokédex. Lorsque son petit frère, Axel, reçoit enfin son premier pokemon, Blanche saisit l'occasion pour partir à l'aventure, ce qu'elle attend depuis déjà deux ans. Mais leurs voyages est souvent interronpu par deux gangs de malfrats, et la seule chose qu'ils savent d'eux est que l'une veut que la terre prenne le pas sur la mer et l'autre que les océans inondent les continent. Mais qu'adviendra alors de Hoenn... Heureusement, Blanche et Axel ont de nombreux amis sur qui conter, mais qui est ce mystérieux Pierre à qui Blanche doit remettre une lettre toute aussi étrange...