Kylie Edwards a sido aceptada en la Academia Wallace. Ella se despierta en un lugar oscuro junto con 15 personas mas. Lo ultimo que recuerda es haber sido noqueada por alguien misterioso al entrar a la academia. Kylie y los demás están atrapados en una mansión abandonada por un oso llamado Monokuma que les dice que la única manera de irse es matando a uno de sus compañeros sin ser descubierto. Si el culpable puede engañar al resto de sus compañeros de clase, él podrá graduarse de la escuela, pero el resto de los estudiantes serán castigados. Sin embargo, si los compañeros descubren el verdadero culpable, entonces sólo él será el castigado con una ejecución espantosa mientras todos los demás se mantienen ilesos.