Megaman ZX: los orígenes

Pasaron 10 años después de los acontecimientos de la saga zero. Todo vivía en paz en La Nueva Neo Arcadia en donde vive él héroe legendario, Zero y con su esposa, Ciel e hijos mellizos Erzo y Jayla de 15 años. Pero algo interrumpe su paz por una mujer que busca venganza por un pasado trágico. Creando el modelo W. Pero Ciel creo los 6 biometales para dárselos a sus hijos, Pero Ciel y Zero son secuestrados por la mujer y roba los biometales (exceptuando el modelo Z y X)
llevándoselos al pasado en donde X vivía por medio de una máquina del tiempo. Erzo y Jayla están decididos para buscar a sus padres con ayuda de su padre del pasado, X, y Axl, destruir los modelo W y volver a la paz.