Après avoir sauvé les enfants du centre, ils ne sont plus en sécurité. Pour se protéger des humains, la ligue de la lumière met en marche une rébellion qui touche tous les mutants. Recherché par toutes les autorités ils n'ont plus d'autres solutions que d'agir dans l'ombre. Pour arrivé à sauver les leurs d'expériences scientifiques, ils vont devoir agrandir leur équipe...