Il existe, dans la ville de Tokyo, une institution nommée Gakuen Alice, les seules personnes pouvant y entrer étant, bien sûr, les personnes qui possèdent des Alices.
Les Alices sont des capacités, des dons, que possèdent certaines personnes privilégiées, donc, des gens qui sont considérés comme étant des personnes anormales, mais extrêmement utiles, selon la société.
C'est donc dans ce contexte que la jeune Alice va faire son entrée. Pourtant, elle est loin d'être au bout de ses peines, même si son séjour à l'Académie ne fait que commencer...