Edward y Alphonse Elric son famosos alquimistas de Amestris. Edward es el alquimista estatal más joven de la historia. Ellos perdieron a su madre y gracias a que violaron el tabú perdieron su cuerpo completo y en parte, respectivamente. Durante su camino hacia la Piedra Filosofal, se cruzan con una chica, oriunda de Kremlin, un país famoso por sus inviernos perpetuos, su arte y la Mendelestria, variante de la alquimia famosa entre alquimistas de élite. Entre otras cosas, ella viene a cobrar una deuda, y los hermanos Elric estarán dispuestos a ayudarla...ateniéndose a las consecuencias que esto supone.