Konoha Lyoko High School

Kehidupan sekolah yang rumit dan penuh misteri,itulah yang dirasakan oleh kakak beradik Kaori Namikaze dan Samura Namikaze. Saat upacara penerimaan murid baru di Konoha Lyoko High School,semua kejadian telah dimulai. Dimulai dari ketertarikan Vergil Katsuragi pada Samura Namikaze yang tak lain adalah adik Kaori sendiri,lalu tugas-tugas yang melibatkan KLHS Organization yang dipimpin oleh Izuna Satsuki dan KLHS School Conselling yang dinaungi oleh Kaori sendiri sampai dengan penculikan Kaori oleh seseorang yang bernama Shin Raikiri,kakak Aelita Raikiri.
Kejadian terbesar bagi Konoha Lyoko High School adalah pertempuran melawan seorang pengkhianat yang bernama Hazuki Hazawa dan Yasaka Nomizu. Belum lagi kejadian-kejadian yang lainnya. Bagaimana cara mereka mengatasi semua kejadian yang menyangkut nama sekolah dan juga cinta mereka selama duduk di bangku SMA? Apa yang tersembunyi di dalam ruang tertutup di belakang sekolah mereka?